由於國民政府於民國六十一年，頒行《清除臺灣日據時代表現日本帝國主義優越感之殖民統治紀念遺跡要點》的政策，導致神社相關建築大多已經損毀。
有關神社社格，以及其他類似神社的設施介紹，請見「神社社格與類神社設施介紹」一文。
其他參考資料：
1.陳鸞鳳, 2004, 日治時期台灣的神社之空間分布、環境觀和方位觀念, 社會科教育學報。
2.蔡錦堂, 1992, 日本據台末期神社的建造--以「一街庄一社」政策為中心, 淡江史學。
3.台湾に渡った日本の神々---今なお残る神社の遺跡
4.神社殘跡
5.神社及び社一覽表（昭和17年12月末日現在）
地圖最後編輯日期：2017年8月7日
清單最後編輯日期：2017年8月7日
一、北北基宜
| 社名 | 社格 | 行政區 | 現址狀態 |
| 台灣神宮 | 官幣大社 | 臺北市 | 劍潭山，現址為圓山大飯店 |
| 建功神社 | 無格社 | 臺北市 | 南海學園小天壇展場 |
| 台灣護國神社 | 護國神社 | 臺北市 | 現臺北忠烈祠 |
| 臺北稻荷神社 | 鄉社 | 臺北市 | 西門紅樓旁 |
| 臺北天滿宮社 | 社 | 臺北市 | 臺北市公園路燈管理處現址 |
| 久須乃木社 | 構內社 | 臺北市 | 台灣總督府專賣局南門工場物品倉庫（小白宮）北側 |
| 大安稻荷神社 | 社祠 | 臺北市 | 誠安公園一帶 |
| 基隆神社 | 縣社 | 基隆市 | 基隆中正公園現址 |
| 末廣稻荷社 | 社祠 | 基隆市 | 信義區智慧里仁一路37巷底，狛狐位於紅淡山三角點 |
| 基隆天滿宮社 | 社祠 | 基隆市 | 今銘傳國中右前方，南靈宮現址 |
| 惠美須社 | 社祠 | 基隆市 | 今日中正路、正榮街一帶 |
| 惠比壽社 | 社祠 | 基隆市 | 今日中船路與中正路80巷路口西側 |
| 仙洞弁天宮 | 社祠 | 基隆市 | 今日仙洞巖 |
| 富貴稻荷社 | 社祠 | 基隆市 | 今基隆富貴市場 |
| 汐止神社、II | 無格社 | 新北市 | 汐止公園忠順廟現址 |
| 北投社 | 社 | 臺北市 | 溫泉住宅天月後方，狛犬移至逸仙國小校門 |
| 七星稻荷社 | 社祠 | 臺北市 | 約在地熱谷上方 |
| 圓山水神社 | 構內社 | 臺北市 | 陽明自來水分處後方山坡地 |
| 芝山巖祠 | 祠 | 臺北市 | 芝山巖百二崁至雨農閱覽室一帶 |
| 淡水社 | 社 | 新北市 | 淡水圖書館東側一帶 |
| 淡水神社 | 無格社 | 新北市 | 淡水忠烈祠現址，部分物品移至淡水行忠堂 |
| 淡水稻荷社 | 社 | 新北市 | 淡水圖書館東側一帶 |
| 瑞芳神社 | 無格社 | 新北市 | 瑞芳高工南校區現址，狛犬移至瑞芳龍巖宮 |
| 金瓜石社 | 社 | 新北市 | 今日金瓜石黃金博物園區上方 |
| 瑞芳社 | 社祠 | 新北市 | 今日九份國小後山故吉原末太郎先生碑後 |
| 猴硐社 | 社/遙拜所 | 新北市 | 猴硐聚落「一百階」步道旁 |
| 崁腳山社 | 社祠 | 新北市 | 萬里區崁腳國小一帶 |
| 宜蘭神社 | 縣社 | 宜蘭縣 | 原位於今日宜蘭公園，1919遷至今宜蘭忠烈祠 |
| 羅東神社 | 無格社 | 宜蘭縣 | 原址約在今純菁路二段，部分殘跡位於今日羅東夜市旁中山公園，羅東文宗社有一對石燈籠 |
| 二結稻荷社 | 社祠 | 宜蘭縣 | 二結萬應公廟 |
| 加羅山社 | 社祠 | 宜蘭縣 | 太平山莊旁 |
| 四季祠 | 社祠 | 宜蘭縣 | |
| 濁水祠 | 社 | 宜蘭縣 | 大同鄉四季國小樂水分校後方 |
| 蘇澳神社 | 無格社 | 宜蘭縣 | 蘇澳國中現址 |
| 蘇澳金刀比羅社 | 社 | 宜蘭縣 | 蘇澳砲台山公園現址 |
| 南澳祠 | 社 | 宜蘭縣 | 南澳鄉保護區公園現址 |
| 東澳祠 | 社 | 宜蘭縣 | 臺灣基督長老教會東澳教會現址 |
| 寒溪祠 | 社 | 宜蘭縣 | 大同鄉寒溪國小旁步道 |
| 文山神社 | 無格社 | 新北市 | 新店太平宮後方空軍公墓，狛犬移至太平宮，部分石燈籠殘件疑似移至台北寶藏巖 |
| 烏來祠 | 社 | 新北市 | 妙心寺現址 |
| 海山神社 | 鄉社 | 新北市 | 中和員山公園旁民安活動中心現址 |
| 新莊神社 | 鄉社 | 新北市 | 大漢橋下和泰汽車現址，殘跡多位於地藏庵 |
| 樹林松尾社 | 構內社 | 新北市 | 樹林大同高科技園區現址內 |
| 坪林社 | 社/遙拜所 | 新北市 | 坪林國中後山觀音台 |
| 新龜山發電所構內社 | 構內社 | 新北市 | 今日桂山發電廠內 |
| 海南製粉基隆工場構內社 | 構內社 | 基隆市 | 今日安樂路一段69巷附近 |
| 基隆中學校校內神社 | 校內神社 | 基隆市 | 即基隆高中校園後方山坡 |
| 基隆高等女學校校內神社 | 校內神社 | 基隆市 | 即基隆女中蔣介石銅像擺放處 |
| 宜蘭無線電信局構內社 | 構內社 | 宜蘭縣 | 中華電信宜蘭營運所現址 |
| 臺灣化成工業株式會社蘇澳工場構內社 | 構內社/遙拜所 | 宜蘭縣 | 臺灣水泥公司蘇澳水泥廠宿舍區內 |
| 台北州刑務所構內社 | 構內社 | 台北市 | 約位於電信金山大樓附近 |
| 頭圍公學校大麻奉齋殿 | 大麻奉齋殿 | 宜蘭縣 | 頭城國中舊址 |
二、桃竹苗
| 社名 | 社格 | 行政區 | 現址狀態 |
| 新竹神社 | 國幣小社 | 新竹市 | 新竹靖廬現址 |
| 新竹州少年刑務所神社 | 構內社 | 新竹市 | 新竹監獄北側 |
| 中壢神社 | 無格社 | 桃園縣 | 中央大學附屬中壢高中現址 |
| 桃園神社 | 縣社 | 桃園縣 | 今日桃園忠烈祠 |
| 豐滿社 | 社 | 桃園縣 | 桃園火車站附近陽明社區現址 |
| 大溪社 | 社 | 桃園縣 | 大溪鎮中正公園內 |
| 角板山祠 | 祠 | 桃園縣 | |
| 高坡祠 | 社 | 桃園縣 | 復興鄉羅浮村高坡國小附近 |
| 高雁祠 | 社 | 桃園縣 | 復興鄉三光村三光真耶穌教會現址 |
| 竹東神社 | 無格社 | 新竹縣 | 竹東高中現址 |
| 員崠子山神社 | 構內社 | 新竹縣 | 竹東鎮員崠國小現址 |
| 十八兒祠 | 祠 | 新竹縣 | 五峰國小後方平台 |
| 尖石祠 | 社 | 新竹縣 | 尖石鄉嘉興國小左側民宅 |
| 竹南神社 | 無格社 | 苗栗縣 | 竹南中興商工現址 |
| 頭份神社 | 無格社 | 苗栗縣 | 僑善國小現址 |
| 大湳祠 | 社祠 | 苗栗縣 | 南庄鄉蓬萊村，地名神社 |
| 苗栗神社 | 縣社 | 苗栗縣 | 苗栗縣忠烈祠現址 |
| 苗栗稻荷社 | 社祠 | 苗栗縣 | 國立聯合大學現址 |
| 通霄神社 | 無格社 | 苗栗縣 | 通霄虎頭山公園現址 |
| 大湖神社 | 無格社 | 苗栗縣 | 大湖國中現址 |
| 大湖遙拜所 | 遙拜所 | 苗栗縣 | 現為大湖鄉大寮村龜山法寶寺廟地 |
| 湖口公學校校內神社 | 校內神社 | 新竹縣 | 湖口國小校內溜滑梯 |
| 湖口農業專修學校校內神社 | 校內神社 | 新竹縣 | 地點不明 |
| 豐鄉國民學校大山背分教場校內神社 | 校內神社 | 新竹縣 | 橫山鄉大山背人文生態館旁 |
| 中壢遙拜所 | 遙拜所 | 桃園縣 | 中壢國小現址 |
| 崎頂社 | 構內社 | 苗栗縣 | 竹南崎頂里農委會家畜衛生試驗所動物用藥品檢定分所現址 |
| 南湖遙拜所 | 遙拜所 | 苗栗縣 | 大湖鄉南湖護安廟北側 |
| 三叉公學校奉安殿 | 奉安殿 | 苗栗縣 | 三義鄉建中國小現址 |
| 大同公學校陸豐分班校內神社 | 校內神社/大麻奉齋殿 | 新竹縣 | 竹東鎮陸豐國小現址 |
三、中彰投
| 社名 | 社格 | 行政區 | 現址狀態 |
| 台中神社 | 國幣小社 | 台中市 | 一代：台中公園內 二代：台中市孔廟與忠烈祠一帶 |
| 台中稻荷社 | 社祠 | 台中市 | 原位於台中光復國小，遷後位置不明 |
| 彰化神社 | 鄉社 | 彰化縣 | 彰化公園至八卦山太極亭一帶 |
| 烏日社 | 社祠 | 台中市 | 或是糖廠構內社，地點不明 |
| 豐原神社 | 鄉社 | 台中市 | 豐原南陽國小現址 |
| 月眉社 | 社 | 台中市 | 后里月眉觀光糖廠現址 |
| 東勢神社 | 鄉社 | 台中市 | 國立東勢高工舊址（集集地震後遷校） |
| 大南八幡社 | 社/構內社 | 台中市 | 行政院農委會種苗改良繁殖場光復紀念碑現址 |
| 八仙山社 | 社 | 台中市 | 八仙山森林遊樂區內 |
| 次高社 | 社 | 台中市 | 雪山山頂 |
| 久良栖祠 | 社 | 台中市 | 和平區松鶴部落內 |
| 埋伏坪祠 | 社 | 台中市 | 和平區雙崎部落內 |
| 清水神社 | 鄉社 | 台中市 | 牛罵頭遺址文化園區現址 |
| 沙鹿社 | 社祠 | 台中市 | 位置不明，亦不知是否完工鎮座 |
| 臺中第一中學校校內神社 | 校內神社 | 台中市 | 今日台中一中光中亭 |
| 和美金刀比羅社 | 社 | 彰化縣 | 彰化糖廠舊址 |
| 秀水神社 | 無格社 | 彰化縣 | 國立秀水高工現址 |
| 鹿港神社 | 無格社 | 彰化縣 | 鹿港國中現址 |
| 員林神社 | 鄉社 | 彰化縣 | 百果山公園內浩然台現址，做忠烈祠用 |
| 田中神社 | 無格社 | 彰化縣 | 田中鼓山寺現址 |
| 北斗神社 | 鄉社 | 彰化縣 | 國立北斗家商現址 |
| 南投神社 | 鄉社 | 南投縣 | 國立南投高中現址 |
| 南投稻荷社 | 社 | 南投縣 | 南投地政事務所現址 |
| 南投社 | 社祠 | 南投縣 | 南投公園東北角 |
| 新高社 | 社 | 南投縣 | 集集公園旁 |
| 魚池神社 | 無格社 | 南投縣 | 魚池鄉公所後瓊文書社現址 |
| 玉島社 | 社 | 南投縣 | 拉魯島（光華島）現址 |
| 鹿島社 | 社/構內社 | 南投縣 | 武界電廠水德星君廟現址 |
| 東埔祠 | 社祠 | 南投縣 | 不確定是否存在 |
| 新高祠 | 社 | 南投縣 | 玉山山頂 |
| 霧岡社 | 社 | 南投縣 | 仁愛鄉霧社德龍宮現址 |
| 川中島社祠 | 社 | 南投縣 | 仁愛鄉清流部落餘生紀念碑現址 |
| 西山祠 | 社祠 | 南投縣 | 玉山西峰山頂 |
| 能高神社 | 鄉社 | 南投縣 | 國立埔里高工體育館現址 |
| 能高社、II | 社 | 南投縣 | 虎子山臺灣地理中心點現址 |
| 埔里社 | 遙拜所 | 南投縣 | 埔里公誠路，現為鳥居文創餐飲 |
| 竹山神社 | 鄉社 | 南投縣 | 竹山公園現址 |
| 新庄子公學校大麻奉齋殿 | 大麻奉齋殿 | 彰化縣 | 和美鎮新庄國小操場旁 |
| 秀水公學校校內神社 | 校內神社/大麻奉齋殿 | 彰化縣 | 秀水國小現址孫文銅像處 |
| 和美公學校校內神社 | 校內神社 | 彰化縣 | 和美國小現址 |
| 水分社 | 社祠 | 台中市 | 和平區天輪村白冷圳入水口旁 |
| 台中松尾社 | 構內社 | 台中市 | 台中創意文化園區（舊酒廠）內 |
| 草屯公學校校內神社 | 校內神社 | 南投縣 | 草屯國小現址 |
| 久須乃木祠 | 社祠 | 南投縣 | 信義鄉神木村萬年樟公神木旁 |
| 日月社（日月潭第一發電所構內社） | 構內社 | 南投縣 | 水里鄉大觀發電廠大觀一廠宿舍區內 |
| 日月潭第二發電所構內社 | 構內社 | 南投縣 | 水里鄉鉅工發電廠內 |
| 望鄉祠 | 祠/遙拜所/大麻奉齋殿 | 南投縣 | 信義鄉郡大林道望鄉工作站旁 |
| qatongulang祠 | 祠 | 南投縣 | 可能位於信義鄉雙龍村喀都格蘭布農族五大社群尋根紀念碑附近，詳細位置不明 |
| masitalun祠 | 祠 | 南投縣 | 可能位於信義鄉東埔村之馬西塔隆社舊址，詳細位置不明 |
| uvaxo祠 | 祠 | 南投縣 | 詳細位置不明 |
| 彰化第一公學校大麻奉齋殿 | 大麻奉齋殿 | 彰化縣 | 今彰化市中山國小 |
| 北斗公學校校內神社 | 校內神社 | 彰化縣 | 北斗國小現址 |
四、雲嘉南
| 社名 | 社格 | 行政區 | 現址狀態 |
| 台南神社 | 官幣中社 | 台南市 | 台南市公十一停車場現址 |
| 開山神社 | 縣社 | 台南市 | 延平郡王祠南側，本殿為台南總工會會址 |
| 林百貨構內社 | 構內社 | 台南市 | 林百貨頂樓 |
| 台南州刑務所神社 | 構內社 | 台南市 | |
| 新町稻荷社 | 社 | 台南市 | 約府前路二段南側，金華路三段東側 |
| 嘉義神社、II | 國幣小社 | 嘉義市 | 嘉義市忠烈祠現址 |
| 三崁店社 | 社/構內社 | 台南市 | 遺址指定為直轄市定古蹟 |
| 虎山社（車路墘社） | 社 | 台南市 | 疑似十鼓文化園區（仁德糖廠）附近阿彌陀佛亭現址 |
| 新化神社 | 無格社 | 台南市 | 虎頭埤風景區內 |
| 新化社 | 社 | 台南市 | 虎頭埤風景區內 |
| 灣裡社 | 社 | 台南市 | 善糖國小現址內勵學亭 |
| 玉井社 | 社祠 | 台南市 | 詳細位置不明 |
| 曾文神社 | 鄉社 | 台南市 | 曾文農工附近民宅及果園、警察廣播電台 |
| 總爺社 | 社 | 台南市 | 總爺國小現址 |
| 北門神社 | 鄉社 | 台南市 | 佳里鎮中山公園現址 |
| 新營神社 | 鄉社 | 台南市 | 新營運動公園內 |
| 大林金刀比羅社 | 社祠 | 嘉義縣 | 大林糖廠內廢棄圖書室旁 |
| 南靖神社 | 無格社 | 嘉義縣 | 南靖國小旁 |
| 阿里山神社 | 無格社 | 嘉義縣 | 阿里山森林遊樂區千歲檜旁博愛亭 |
| 奮起湖社 | 社/大麻奉齋殿 | 嘉義縣 | 奮起湖景點之一 |
| 達邦祠 | 社祠 | 嘉義縣 | 切確位置不明 |
| 特富野祠 | 社祠 | 嘉義縣 | 切確位置不明 |
| 來吉祠 | 社祠 | 嘉義縣 | 切確位置不明 |
| 樂野祠 | 社祠 | 嘉義縣 | 切確位置不明 |
| 里佳祠 | 社祠 | 嘉義縣 | 切確位置不明 |
| 山美祠 | 社祠 | 嘉義縣 | 切確位置不明 |
| 斗六神社 | 無格社 | 雲林縣 | 斗六高中現址 |
| 林內神社 | 無格社 | 雲林縣 | 林內公園、濟公廟現址 |
| 大崙社 | 無格社 | 雲林縣 | 斗六糖廠內 |
| 五間厝神社 | 無格社 | 雲林縣 | 安慶國小現址 |
| 土庫神社 | 無格社/社 | 雲林縣 | 土庫商工現址 |
| 北港神社 | 縣社 | 雲林縣 | 北港鎮中山公園旁 |
| 東石神社 | 鄉社 | 嘉義縣 | 朴子藝術公園現址 |
| 蒜頭社 | 社 | 嘉義縣 | 蒜南國小後方宿舍區公園 |
| 對高岳祠 | 無格社 | 嘉義縣 | 阿里山森林遊樂區對高岳山頂 |
| 岸內社 | 構內社 | 台南市 | 鹽水岸內國小內 |
| 麻豆社 | 社 | 台南市 | 切確位置不明 |
| 嘉義幼稚園稻荷神社 | 無格社 | 嘉義市 | 檜町，今嘉義市中山路圓環東北側街區內 |
| 臺灣步兵第二連隊營內神社 | 構內社 | 台南市 | 成功大學光復校區內，基座改建為建國復國碑 |
| 關廟公學校新豐神社 | 校內神社 | 台南市 | 今關廟國小 |
| 埤頭埧公學校校內神社 | 校內神社 | 雲林縣 | 今西螺廣興國小 |
| 西螺社 | 社 | 雲林縣 | 西螺東南中學內 |
| 二崙水神祠 | 祠 | 雲林縣 | 雲林水利會大義工作站附近十縫仔埤塘納骨塔附近 |
| 大內公學校校內神社 | 校內神社 | 台南市 | 大內國小現址 |
| 曾文神社六甲末社 | 末社 | 台南市 | 今六甲國中 |
| 鹽水公學校校內神社 | 大麻奉齋殿 | 台南市 | 鹽水國小校內孔廟 |
| 官田神社 | 無格社 | 台南市 | 官田國小體育場前球場現址 |
| 斗六神社竹圍子末社 | 末社 | 雲林縣 | 斗六市長安派出所對面 |
| 斗六神社崁頭厝末社 | 末社 | 雲林縣 | 古坑鄉永光村古坑鄉農會農業休閒中心現址 |
| 古坑神社 | 末社 | 雲林縣 | 古坑鄉古坑國中現址 |
| 石榴班神社 | 末社 | 雲林縣 | 古坑鄉石榴國中內 |
| 斗六神社樹子腳末社 | 末社 | 雲林縣 | 莿桐鄉饒平國小旁自來水供應處現址 |
| 斗六神社大北勢末社 | 末社 | 雲林縣 | 斗六市長平社區活動中心現址 |
| 斗六神社溝子埧末社 | 末社 | 雲林縣 | 斗六壩溝社區南邊，江厝路、圳溝路、泰安路與台三線所圍區域 |
| 內林神社 | 末社 | 雲林縣 | 今斗六市梅林，位置不詳 |
| 斗六神社溪邊厝末社 | 末社 | 雲林縣 | 古坑鄉東和國中現址 |
| 武津社 | 無格社 | 嘉義縣 | 布袋鹽場出張所舊址，現台鹽公司生技三廠 |
| 竹崎遙拜所 | 遙拜所 | 嘉義縣 | 疑位於竹崎公園內 |
| 左鎮社 | 社 | 台南市 | 不確定是否存在 |
| 那拔林社 | 社/大麻奉齋殿 | 台南市 | 那拔派出所後方成仁取義碑現址 |
| 曾文神社下營末社 | 末社 | 台南市 | 下營鄉營前村天主堂對面民宅現址 |
| 大湖底社 | 社/大麻奉齋殿 | 雲林縣 | 古坑鄉華山國小現址 |
| 鹿寮公學校校內神社 | 校內神社 | 雲林縣 | 元長鄉鹿南村或鹿北村，切確位置不明 |
| 烏樹林社 | 社 | 台南市 | 烏樹林糖廠內 |
| 小梅公學校校內神社 | 校內神社 | 嘉義縣 | 梅山鄉梅山國小內 |
| 瑞里神社 | 無格社 | 嘉義縣 | 梅山鄉瑞里國小旁 |
| 民雄公學校校內神社 | 校內神社 | 嘉義縣 | 今民雄國小 |
| 龍巖社 | 社 | 雲林縣 | 褒忠鄉龍巖糖廠舊址旁臥龍山（大坪崙），臥龍山已剷平，山頂石碑移至虎尾糖廠 |
| 大塔山社 | 社 | 嘉義縣 | 阿里山鄉大塔山頂 |
| 林子尾公學校校內神社 | 校內神社 | 嘉義縣 | 今民雄秀林國小 |
| 江厝店公學校校內神社 | 校內神社 | 嘉義縣 | 今民雄興中國小 |
| 中洲小學校校內神社 | 校內神社/大麻奉齋殿 | 嘉義縣 | 切確位置不明，原為校內神社，昭和十一年改設大麻奉齋殿 |
| 春日社 | 移民村社 | 雲林縣 | 中部科學園區雲林虎尾基地內，雲科北路與科虎二路路口東側 |
| 榮社 | 移民村社 | 雲林縣 | 今莿桐鄉中園村雲54鄉道附近，切確位置不詳 |
| 葉稻荷神社 | 末社 | 雲林縣 | 查無資料 |
| 北港小學校校內神社 | 校內神社 | 雲林縣 | 查無資料 |
| 大東神社 | 不詳 | 台南市 | 新營郡新營街，但無資料 |
| 新豐社 | 大麻奉齋殿 | 台南市 | 關廟國中現址，待確認與關廟公學校新豐神社之關係 |
| 新化尋常小學校奉安殿 | 奉安殿 | 台南市 | 新化國中校內 |
| 南安公學校校內神社 | 校內神社/大麻奉齋殿 | 台南市 | 南安國小校內孔廟 |
| 斗南公學校校內神社 | 校內神社/大麻奉齋殿 | 台南市 | 今斗南國小操場後方 |
| 嘉義松尾社 | 構內社 | 嘉義市 | 嘉義文化創意產業園區現址內，神社遺物搬往嘉義觀光酒廠 |
| 昌南社 | 構內社 | 台南市 | 台灣總督府專賣局台南支局台南出張所構內社，北門路二段10號 |
五、高屏
| 社名 | 社格 | 行政區 | 現址狀態 |
| 高雄神社 | 縣社 | 高雄市 | 高雄忠烈祠現址 |
| 阿緱神社 | 縣社 | 屏東縣 | 屏東體育場現址，狛犬則移往屏東忠烈祠 |
| 阿緱末廣稻荷社 | 社 | 屏東縣 | 屏東公園內 |
| 海豐產土社 | 社 | 屏東縣 | 屏東市海豐里台27線（海豐街） 、仁義里91巷、與進入仁義里91巷後的下一條巷子三者之間所形成的三角形區域 |
| 岡山神社 | 鄉社 | 高雄市 | 岡山區壽天宮現址 |
| 橋子頭社 | 社 | 高雄市 | 橋頭糖廠中山堂現址 |
| 鳳山神社 | 鄉社 | 高雄市 | 鳳山醫院現址 |
| 後壁林社 | 構內社/校內神社 | 高雄市 | 原可能為後壁林糖廠構內社，也可能是小港公學校校內神社。約位於今日小港國小內 |
| 旗山神社 | 無格社 | 高雄市 | 旗山孔廟現址 |
| 旗山神社末社旗山稻荷社 | 末社 | 高雄市 | 旗山，切確地點不明 |
| 高砂天滿社 | 社 | 高雄市 | 旗山，切確地點不明 |
| 旗尾社 | 社 | 高雄市 | 旗美休閒廣場現址 |
| 六龜天滿祠 | 祠 | 高雄市 | 六龜鄉公所現址 |
| 大埤湖社 | 社/大麻奉齋殿/遙拜所 | 高雄市 | 高雄澄清湖附近，可能位於中興塔現址。 |
| 水天社 | 社 | 高雄市 | 可能位於今日旗山水源地附近，切確位置不明 |
| 瑪雅祠(暫名) | 社 | 高雄市 | 可能位於那瑪夏鄉民權國小附近 |
| 里港神社 | 無格社 | 屏東縣 | 里港分局左側體技館現址 |
| 大武山祠 | 祠 | 屏東縣 | 北大武山頂附近2940公尺處稜線上 |
| 潮州神社 | 鄉社 | 屏東縣 | 潮州中山公園現址靠近潮州高中處 |
| 東港神社 | 鄉社 | 屏東縣 | 東港海濱國小孔廟 |
| 佳冬神社 | 無格社 | 屏東縣 | 台十七線天后宮旁 |
| 溪州社 | 社 | 屏東縣 | 糖廠內永安宮附近 |
| 恆春神社 | 無格社 | 屏東縣 | 自來水廠恆北加壓站現址（北門附近山丘上），狛犬於恆春天后宮 |
| 鵝鑾鼻社 | 社 | 屏東縣 | 高雄關稅總局員工訓練中心現址 |
| 恆春社 | 社祠 | 屏東縣 | 切確位置不明，後被恆春神社取代 |
| 日出社 | 移民村社 | 屏東縣 | 惠農國小旁，切確位置不詳 |
| 千歲社 | 移民村社 | 屏東縣 | 土庫國小永育園現址 |
| 常盤社 | 移民村社 | 屏東縣 | 里港國中舊址，現為蝦池 |
| 高士祠 | 社祠 | 屏東縣 | 高士村內，2015年重新鎮座 |
| 溪洲尋常小學校校內神社 | 校內神社/奉安殿 | 屏東縣 | 南州鄉溪北國小內 |
| 臺灣纖維株式會社恆春工場構內社 | 構內社 | 屏東縣 | 恆春龍鑾潭旁瓊麻工業歷史展示區內 |
| 竹子門水利發電所水神社 | 構內社 | 高雄市 | 美濃龍肚南邊，竹子門水德宮現址 |
| 日本海軍震洋隊營內神社 | 構內社 | 高雄市 | 左營區自助新村內 |
| 高雄中學校奉安殿 | 奉安殿 | 高雄市 | 高雄中學內孫文銅像之基座 |
| 高雄第一尋常高等小學校奉安殿 | 奉安殿 | 高雄市 | 今日高雄市鼓山區鼓山國小 |
| 高雄第二尋常高等小學校奉安殿 | 奉安殿 | 高雄市 | 今日高雄市鹽埕區鹽埕國小 |
| 仁武神社 | 不明 | 高雄市 | 仁武區仁福里前埔厝聚落，位於橫山二巷旁的小廟內。疑為神社遺跡，但神社名稱不明，以規模與位置而言，因與仁武聚落無關。 |
| 左營第六海軍燃料廠構內社 | 構內社 | 高雄市 | 左營半屏山東北隅，切確位置不明 |
| 吉井百貨金刀比羅社 | 構內社 | 高雄市 | 吉井百貨頂樓，今為高雄市鹽埕區大勇路與五福四路口華南銀行 |
| 高雄築港出張所船舶機械修造工場構內社 | 構內社 | 高雄市 | 約今日高雄海洋科技大學旗津校區鄭和樓旁空地 |
六、花東外島
| 社名 | 社格 | 行政區 | 現址狀態 |
| 澎湖神社 | 縣社 | 澎湖縣 | 舊忠烈祠址，目前廢棄 |
| 花蓮港神社 | 縣社 | 花蓮縣 | 花蓮忠烈祠現址 |
| 花蓮港神社佐倉末社 | 末社 | 花蓮縣 | 花蓮市德興棒球場斜對面菜園 |
| 豐田神社、II | 無格社(移民村社) | 花蓮縣 | 壽豐鄉豐田村碧蓮寺現址 |
| 吉野神社 | 無格社(移民村社) | 花蓮縣 | 吉安鄉慶豐村慶豐市場、後方廢軍營現址 |
| 壽社 | 社 | 花蓮縣 | 壽豐鄉中山公園現址 |
| 高砂社 | 社 | 花蓮縣 | 秀林鄉水源村明山道堂旁 |
| 新城社 | 社 | 花蓮縣 | 新城天主堂現址 |
| 新城稻荷社 | 社祠 | 花蓮縣 | 新城天主堂旁公園現址 |
| 佐久間神社 | 無格社 | 花蓮縣 | 中橫天祥之文天祥祠現址 |
| 三棧祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 秀林鄉布拉旦社區部落聚會所現址 |
| 銅門祠 | 社 | 花蓮縣 | 秀林鄉銅門村，銅門教會後方，現為防治土石流之攔沙壩 |
| 富世岡祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 秀林鄉富世村活動中心右側東椰館後方 |
| 加灣(卡烏灣)祠 | 社 | 花蓮縣 | 秀林鄉景美國小後方 |
| 林田神社 | 無格社(移民村社) | 花蓮縣 | 鳳林忠烈祠舊址，復興路旁 |
| 福住稻荷社 | 社 | 花蓮縣 | 花蓮市南京街、信義街附近長老教會現址 |
| 瑞穗祠 | 社 | 花蓮縣 | 瑞穗虎頭山步道 |
| 拔子社 | 社 | 花蓮縣 | 瑞穗鄉富源村狼頭山 |
| 大港口祠 | 社 | 花蓮縣 | 豐濱鄉大港口新長虹橋附近奉玄天上帝鐵皮屋 |
| 大加汗祠 | 社 | 花蓮縣 | 萬榮鄉明利村大加汗部落明利天主堂附近 |
| 太巴塱祠 | 社 | 花蓮縣 | 光復鄉太巴塱協天宮現址 |
| 玉里社 | 社 | 花蓮縣 | 玉里鎮西邊街旁，現為縣定古蹟 |
| 富里社 | 社 | 花蓮縣 | 富里義聖宮位置 |
| 織羅社 | 社 | 花蓮縣 | 玉里鎮春日國小北側橋樑北方 |
| 觀音山社 | 社 | 花蓮縣 | 玉里鎮松埔里福德祠附近 |
| 武士林祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 秀林鄉秀林二號橋南側小徑終點 |
| 德其黎祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 秀林鄉崇德村第六公墓內，石燈籠移往崇德天主堂 |
| 太平祠 | 社 | 花蓮縣 | 自來水公司太平抽水站現址 |
| 奇密祠 | 社 | 花蓮縣 | 奇美部落內 |
| 東邦金屬製鍊會社花蓮港工場 | 構內社/大麻奉齋殿 | 花蓮縣 | 台灣水泥公司花蓮廠現址內，已消失 |
| 知亞干遙拜所 | 遙拜所 | 花蓮縣 | 萬榮鄉西林村 |
| 新社祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 豐濱鄉東興部落上方（土石流掩蓋） |
| 荳蘭社 | 社/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 吉安鄉阿美族文物館現址 |
| 姑律祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 豐濱村立德部落台十一線旁靠海處 |
| 下撈灣祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 玉里鎮樂合里哈拉灣社區集會所現址，又稱洛和社 |
| 貓公祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 花蓮縣 | 豐濱國小現址為第一代貓公祠，豐濱國中現址為第二代貓公祠 |
| 花蓮港松尾社 | 構內社 | 花蓮縣 | 花蓮創意文化園區內 |
| 日本鋁株式會社花蓮港工場構內社 | 構內社/大麻奉齋殿 | 花蓮縣 | 台灣肥料公司花蓮廠內 |
| 富里公學校校內神社 | 大麻奉齋殿 | 花蓮縣 | 富里國小內 |
| 壽尋常高等小學校奉安殿 | 奉安殿 | 花蓮縣 | 壽豐鄉共和村福德祠現址 |
| 馬太鞍遙拜所 | 遙拜所 | 花蓮縣 | 光復鄉馬太鞍基督長老教會現址 |
| 鳳林公學校校內神社 | 校內神社 | 花蓮縣 | 鳳林國小校內孔廟 |
| 台東神社 | 縣社 | 台東縣 | 第一代位於光明路中正喜悅大樓、第二代為今日鯉魚山之臺東忠烈祠 |
| 台東稻荷社 | 社 | 台東縣 | 台東市福建路與正氣路口岡山羊肉爐現址附近 |
| 加路蘭祠 | 社 | 台東縣 | 台東市富岡里猴子山，切確位置不明 |
| 射馬干祠 | 祠 | 台東縣 | 約在建和二街101號附近 |
| 知本祠 | 社 | 台東縣 | 知本代天府現址 |
| 北絲鬮社 | 社 | 台東縣 | 卑南鄉初鹿協天府現址 |
| 卑南祠 | 社 | 台東縣 | 卑南國中後方山坡 |
| 鹿寮社 | 社/大麻奉齋殿/遙拜所 | 台東縣 | 鹿野鄉永安村下鹿寮老人活動中心現址 |
| 呂家祠 | 社 | 台東縣 | 卑南鄉利嘉國小附近民宅花圃 |
| 旭村社 | 移民村社/大麻奉齋殿/遙拜所 | 台東縣 | 台東市豐里里奉順宮現址 |
| 太麻里祠 | 社祠 | 台東縣 | 查無資料 |
| 虷子崙祠 | 社祠 | 台東縣 | 切確位置不明 |
| 大武社 | 社 | 台東縣 | 大武鄉大武村台東林管處大武工作站現址 |
| 大鳥祠 | 社 | 台東縣 | 大鳥國小對面山丘 |
| 大竹高祠 | 社祠 | 台東縣 | 切確位置不明 |
| 大南社 | 社 | 台東縣 | 卑南鄉東興村天馬產業道路旁 |
| 加拉大朗祠 | 社祠 | 台東縣 | 查無資料 |
| 里壟社 | 社 | 台東縣 | 關山鎮民權路一帶 |
| 里都祠 | 社 | 台東縣 | 海端鄉利稻部落 |
| 池上祠 | 社 | 台東縣 | 池上鄉錦園村玉蟾園民宿現址 |
| 鹿野村社 | 移民村社 | 台東縣 | 鹿野鄉龍田村昆慈堂現址 |
| 雷公火祠 | 社 | 台東縣 | 關山鎮電光里中華電信機房旁 |
| 大原祠 | 社 | 台東縣 | 鹿野鄉瑞源村真耶穌教會瑞源教會現址 |
| 德高祠 | 社 | 台東縣 | 關山鎮農會碾米場旁農田 |
| 都鑾祠 | 社 | 台東縣 | 都蘭國小現址 |
| 馬武窟祠(大馬祠) | 社 | 台東縣 | 東河鄉東河國小後方山上 |
| 成廣澳祠(小湊祠) | 社 | 台東縣 | 成功鎮小港（成廣澳）忠孝派出所右後方 |
| 嗄嘮吧灣社 | 社 | 台東縣 | 東河鄉泰源村龍泉寺附近 |
| 鹽濱祠 | 社 | 台東縣 | 成功鎮嘉平舊台十一線旁 |
| 都歷祠 | 祠 | 台東縣 | 成功鎮都歷麻荖漏事件紀念園現址 |
| 小濱祠 | 社祠 | 台東縣 | 查無資料，無該地名，大濱指宜灣，中濱指長濱大掃別 |
| 新港祠 | 社祠 | 台東縣 | 成功鎮三民里獅子山，公民路旁 |
| 沙汝灣祠(大濱祠) | 社祠 | 台東縣 | 成功鎮宜灣臺十一線旁民宅後方 |
| 加走灣祠(長濱祠) | 社祠 | 台東縣 | 位於長濱加走灣山半山腰 |
| 姑子律祠(樟原祠) | 社 | 台東縣 | 長濱鄉樟原天龍宮現址 |
| 石寧埔祠 | 社 | 台東縣 | 長濱鄉寧埔村光榮社區牌樓附近平房 |
| 三間屋祠 | 祠 | 台東縣 | 長濱鄉三間屋土地公廟後方 |
| 擺子擺祠 | 祠/大麻奉齋殿/遙拜所 | 台東縣 | 鹿野鄉和平社區 |
| 新港惠比須祠 | 祠 | 台東縣 | 成功鎮民富街6號現址 |
| 出水坡祠 | 祠 | 台東縣 | 浸水營古道出水坡駐在所遺址旁 |
| 台灣神社澎湖遙拜所 | 遙拜所 | 澎湖縣 | 澎湖天后宮後方草坪 |
| 七美遙拜所 | 遙拜所 | 澎湖縣 | 七美鄉中和村社區活動中心後方 |
| 太麻里祠 | 祠 | 台東縣 | 可能位於大王路延伸至鐵路以西的山坡上 |
| 大竹篙祠 | 祠 | 台東縣 | 今日大竹部落附近 |